Несмотря на то что мы произносим это слово через Э, писать нужно «депо». Это заимствованное слово. А в таких словах буква Э пишется только в начале (экран, эволюция) или после гласных А, О, У (маэстро, дуэль, каноэ). Во всех остальных случаях в заимствованных словах, произнося Э, мы пишем Е.