Склонение слова зависит от его рода. У множественного числа слова «туфли» единственное число — «туфля». Существительное «туфля» женского рода. Поэтому и форма родительного падежа множественного числа будет «туфель». Сравните с другим словом женского рода, например, «земля — земель». Форма «туфлей» была бы в существительном мужского рода. Как, например, в случае со словом «трюфель — трюфелей».