Географические названия славянского происхождения (топонимы), склоняются, как и другие слова русского языка. Поэтому нужен предложный падеж: Они ждали во Внукове (предложный падеж). Однако, если бы было определяющее слово «аэропорт», предложение бы выглядело так: Они ждали в аэропорту (предложный падеж) Внуково (именительный падеж).