Амнистия имеет значение «освобождение». Поэтому после обоих этих существительных должно идти слово в родительном падеже. Освобождение (кого?) заключённых, а не (кому?) заключённым. Помня об этом, несложно догадаться, что правильным вариантом по аналогии с предыдущим сочетанием будет «амнистия заключённых».