По правилу две Н пишется в прилагательных, которые образованы от существительного с основой на Н: старина — старинный и т. д. Исторически происхождение слова «подлинный» связано со словом «длина». Поэтому, несмотря на то что сейчас значения этих слов разные, «подлинный» следует писать с двумя Н после И.